L'Istituto Superiore di Scienze Religiose ha lo scopo di dare una formazione teologica accademica a laici e religiosi per una loro cosciente ed attiva partecipazione ai compiti di evangelizzazione, favorendo l'assunzione di compiti professionali nella vita ecclesiale, in particolare la preparazione dei docenti di Religione cattolica nelle scuole italiane di ogni ordine e grado, e nell'animazione cristiana della società. L'Istituto propone l'approfondimento e la trattazione sistematica, con metodo scientifico, della dottrina cattolica attinta dalla divina Rivelazione, e promuove la ricerca delle risposte agli interrogativi umani, alla luce della stessa Rivelazione, con l'ausilio delle scienze filosofiche, delle scienze umane e delle scienze della religione. (dall'art. 2 dello Statuto)

I rapporti tra la Facoltà Teologica e l'Istituto, ispirati al principio di tutela accademica da parte della Facoltà e dell'autonomia dell'Istituto, sono regolati secondo le norme dello Statuto dell'Istituto. In particolare alla Facoltà Teologica che sovraintende all'Istituto, spetta la responsabilità accademica degli studi per la garanzia del loro livello universitario, l'approvazione dei programmi di studio, la verifica dei titoli richiesti per i docenti stabili e il conferimento del titolo di Magistero in Scienze Religiose .

II titolo di Magistero in Scienze Religiose rilasciato dalla Facoltà Teologica, è riconosciuto valido per l'insegnamento della religione Cattolica nelle scuole secondarie di primo e di secondo grado a norma dell'Accordo del 18 febbraio 1984 tra Santa Sede e Repubblica Italiana, che apporta modificazioni al Concordato Lateranense, e dell'Intesa del 14 dicembre 1985 tra il Ministero della Pubblica Istruzione e la Presidenza della Conferenza Episcopale Italiana. Al termine del Triennio lo studente può conseguire il Diploma in Scienze Religiose.

Possono frequentare i corsi dell'ISSR tutti coloro che, idonei per condotta morale e per i precedenti studi, desiderino avere una qualificata preparazione nelle discipline teologiche e nelle scienze religiose.Gli studenti possono essere ordinari, straordinari e uditori. Sono studenti ordinari quelli che, aspirando ai gradi accademici rilasciati dalla Facoltà Teologica, si iscrivono regolarmente e frequentano tutti i corsi e le esercitazioni prescritte dall'Istituto. Per esser ammesso come studente ordinario è necessario aver conseguito un titolo di studio valido per l'ammissione all'Università di Stato in Italia. Spetterà al Direttore valutare le equipollenze per i titoli conseguiti all'estero. Sono studenti straordinari coloro che, pur frequentando tutte le discipline o buona parte di esse, con relativo esame, mancano del titolo di studio prescritto per l'iscrizione a ordinari. Per essere iscritto come straordinario è necessario che lo studente dimostri di avere idoneità a frequentare i corsi dell'Istituto. Gli studenti straordinari non possono accedere ai gradi accademici. Qualora in itinere lo studente entrasse in possesso delle condizioni previste per diventare studente ordinario, potrà richiedere il passaggio a ordinario. Sono studenti uditori coloro che sono ammessi dal Direttore o dai Vice-direttori a frequentare solo alcuni corsi offerti dall'Istituto. Essi al termine dei corsi frequentati potranno sostenere i relativi esami, che verranno conteggiati come validi nel caso in cui lo studente uditore decidesse, avendo i requisiti richiesti dal presente Statuto, di passare a studente ordinario.

L'Istituto superiore di Scienze Religiose prevede un percorso di studi della durata di cinque anni, strutturato in due cicli: il primo ciclo, della durata di un triennio, al termine del quale lo studente consegue il Diploma in Scienze Religiose; il secondo ciclo, della durata di due anni, qualificato come Biennio specialistico, al termine del quale si consegue il titolo di Magistero in Scienze Religiose. Il numero complessivo delle ore di insegnamento non sarà inferiore a 1260 nel primo ciclo (pari a 105 crediti ecclesiastici o a 180 european credits transfer system) e a 840 nel secondo ciclo (pari a 70 crediti ecclesiastici o a 120 european credits transfer system). Il secondo ciclo, o Biennio di specializzazione, prevede due indirizzi, uno pedagogico didattico ed uno pastorale-catechetico-liturgico. Nel primo ciclo, o Triennio, vengono trattate tutte le fondamentali discipline filosofiche e teologiche, in modo che al titolo conclusivo di Diploma in Scienze Religiose corrisponda la completezza del percorso. Il programma degli studi del primo ciclo prevede le seguenti discipline: Storia della filosofia. Filosofia sistematica. Sacra Scrittura. Introduzione alla teologia e Teologia fondamentale. Teologia dogmatica. Teologia morale. Liturgia. Patrologia e Storia della Chiesa. Introduzione al Diritto Canonico. Nel secondo ciclo, o Biennio specialistico, sono proposti corsi riferiti ad alcune discipline teologiche, quali: Corso monografico di teologia biblica. Corso monografico di teologia dogmatica. Corso monografico di teologia morale. Teologia spirituale. Storia della Chiesa contemporanea. Teologia ecumenica. Inoltre sono proposti corsi caratterizzanti ciascuno dei due indirizzi specialistici,quali: Teologia pastorale e Catechetica. Storia delle religioni e Teologia delle religioni. Scienze della religione (Filosofia della religione e Sociologia della religione). Pedagogia, Didattica generale e dell'Insegnamento della Religione Cattolica. Teoria della scuola e legislazione scolastica. Psicologia. Storia della Chiesa locale. Teologia missionaria. Sono previste anche discipline complementari e opzionali (ad es. Ebraico; Greco biblico; Latino; Lingue straniere moderne; Arte e Letteratura religiosa; Dottrine politiche; Ebraismo extra-biblico; Cinema e religione; Sindonologia, Correnti del pensiero contemporaneo). I requisiti per conseguire il Diploma in Scienze Religiose al termine del Triennio sono: essere studente ordinario dell'Istituto; aver frequentato il primo ciclo triennale di studi ed aver superato le verifiche di profitto prescritte; attestare la conoscenza di una lingua straniera; aver composto un elaborato scritto, conforme alle norme indicate nel Regolamento, che mostri la capacità di impostazione dell'argomento scelto e di ricerca scientifica. I requisiti per conseguire il Magistero in Scienze Religiose al termine del Biennio specialistico sono: essere studente ordinario dell'Istituto; aver frequentato il primo ciclo triennale di studi e il secondo ciclo biennale specialistico, ed aver superato le verifiche di profitto prescritte; attestare la conoscenza di due lingue straniere; aver composto un elaborato scritto, conforme alle norme indicate nel Regolamento, che mostri la competenza maturata nel campo di specializzazione prescelto, e sottometterlo a pubblica discussione nella sessione prevista.

Per essere iscritto all'Istituto come studente ordinario occorre: aver compiuto il 18° anno d'età; fare domanda scritta al Direttore in cui si specificano i motivi dell'iscrizione; presentare l'originale o la copia autenticata del proprio titolo di studio più alto. Per essere studente ordinario è necessario avere un Diploma di Scuola Media Superiore valido per l'accesso in Italia all'Università di Stato. Gli studenti che hanno conseguito i loro titoli di studio in un Paese estero devono dimostrare, mediante dichiarazione scritta dell'Ambasciata o Consolato di quel Paese, che il titolo di studio in loro possesso che presentano per l'iscrizione è valido in Italia per l'iscrizione all'Università di Stato, in base agli accordi culturali esistenti tra la Repubblica Italiana e il Governo di quel Paese estero. dimostrare una buona padronanza della lingua italiana, se si possiede un titolo di studio conseguito fuori dall'Italia. Chi si trova in questa condizione, prima che l'iscrizione sia formalizzata dovrà sottoporsi ad un test, preparato dall'Istituto, per accertare la reale padronanza della lingua italiana. L'Istituto si riserva di rendere obbligatoria la frequenza ad un corso di lingua italiana per coloro che risultassero carenti. L'insufficiente conoscenza della lingua italiana rende impossibile formalizzare l'iscrizione; esibire una lettera di presentazione firmata da un ecclesiastico; presentare due fotografie formato tessera retro-firmate dallo studente; pagare la somma in denaro per l'iscrizione e la prima rata delle tasse scolastiche.